La ordenación de los instrumentos de la colección del Museo de la Fundación, sigue la clasificación más aceptada en todo el mundo, que divide todos los instrumentos existentes en cuatro grandes familias, según la naturaleza de los cuerpos que producen el sonido: aerófonos (en los que vibra una columna de aire) idiófonos (en los que suena el propio material de que están construidos), cordáfonos (en los que vibran las cuerdas) y membranófonos (en los que una membrana produce las ondas sonoras). Esta clasificación fue creada por Víctor Charles Mahillon y publicada en el Anuario del Real Conservatorio de Música de Bruselas, en 1878. Posteriormente fue perfeccionada por los musicólogos Eric von Hornbostel y Curt Sachs, quienes añadieron múltiples subclasificaciones a esas familias.
Desde los primeros siglos, los estudiosos de la música trataron de clasificar los instrumentos según distintos criterios. San Isidoro, en sus Etimologías, incluye la música entre las disciplinas que se siguen de la Matemática y encuentra que cualquier sonido puede tener tres naturalezas: armónica (o sea, canto de voces), orgánica (es decir, instrumentos de soplo) y rítmica (o instrumentos que se tañen con los dedos). Fray Juan Bermudo, en su Declaración de instrumentos musicales (s.XVI) sigue todavía con la misma teoría pues al hablar de cómo se puede practicar la música insiste en la triple vía: Voz de hombre, con aire (órganos y flautas) o con toque de dedos (vihuela y arpa). Pedro Cerone, autor del tratado musical titulado Melopeo y maestro (s.XVII), vuelve a recordar una de las clasificaciones más antiguas y universales: instrumentos de golpe (tambor, sistro, atabal, pandero), de viento (flauta, chirimía, duçaina, sacabuche) y de cuerdas (salterio, rabel, vihuela, cítara, guitarra). Fray Pablo Nassarre (s.XVIII), en su Escuela musica segun la practica moderna vuelve a insistir en la clasificación conocida de: Naturales (la voz del hombre), orgánicos (de a y maestro (s.XVII), vuelve a recordar una de las clasificaciones más antiguas y universales: instrumentos de golpe (tambor, sistro, atabal, pandero), de viento (flauta, chirimía, duçaina, sacabuche) y de cuerdas (salterio, rabel, vihuela, cítara, guitarra). Fray Pablo Nassarre (s.XVIII), en su Escuela musica segun la practica moderna vuelve a insistir en la clasificación conocida de: Naturales (la voz del hombre), orgánicos (de aire) y de cuerda.
Un museo para aprender a través de las TIC, en el que las obras cobran vida y tú eres el protagonista. Interactúa, aprende y diviértete gracias a las últimas tecnologías: paneles retroiluminados cargados de historia, interactivos, audiovisuales y su propia App con la que podrás descubrir contenidos sorprendentes a través de la realidad aumentada y comprobar tus conocimientos consiguiendo monedas a través del juego de Carlos V en tu móvil. La figura hiperrealista en tamaño real del propio Carlos V a sus 17 años, réplicas del traje de su esposa Isabel de Portugal, Juan Padilla..etc. Maquetas con el aspecto del municipio de Mojados en el 1517 año en que vino por primera vez nuestro
El museo está enriquecido con contenidos históricos de la época (s. XVI) como manuscritos, dibujos, cartas, libros de recetas
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